Scaldate la griglia. Mettete i pomodori e i pomodorini su di un foglio di carta-forno. Grigliate girandoli occasionalmente fino a che presentino la classica grigliatura su entrambi i lati, quindi dai 10 ai 12 minuti. Trasferiteli in una casseruola. Aggiungete gli ingredienti rimanenti. Portate ad ebollizione e cuocete fino a che le cipolle si ammorbidiscano, dai 12 ai 15 minuti.
Trasferite il tutto in un frullatore. Frullate e successivamente scolate il liquido in eccesso. Servite il tutto a temperatura ambiente oppure leggermente freddo. La salsa Arbol può essere conservata in frigorifero dai 3 ai 5 giorni o settimane se congelata.